腐殖酸在農業和土壤改良中發揮著重要作用，其功效包括：
促進作物生長。腐殖酸能刺激種子萌發，提高種子出苗率，促進根系生長，增加分櫱或分枝，並提早作物成熟。
改良土壤理化性質。通過與土壤中的鈣離子結合，形成絮狀凝膠，增加土壤中穩定性團粒結構的數量，從而改善土壤的水分、肥料、氣體和熱量狀況。
提供營養元素。腐殖酸能夠吸收土壤中的銨離子、鉀離子、鈣離子、鋅離子等，提高肥料利用率，並增強作物的抗逆能力。
刺激作物生理代謝。增強作物體內多種酶的活動，促進微生物繁殖與活動，提高真菌、細菌和固氮菌等的活動能力，加速有機物分解和農家肥料腐熟。
增強作物的抗逆性。在低溫、乾旱、鹽分和重金屬等逆境脅迫條件下，腐殖酸能幫作物保持較快的生長速度。
改善農產品質量。如增加果實個頭，改善色澤等。
防治土壤重金屬污染。腐殖酸參與土壤中離子交換反應，吸附固定土壤中的重金屬離子，防止它們進入生物循環。
抗病抗蟲。腐殖酸對蚜蟲、地蛆等有忌避效果，對病菌有抑製作用，與農藥混用能增強緩釋和增加效果。
固氮、解磷、釋鉀。腐殖酸能與磷酸結合，保持有效磷的持效性，分解無效磷，有效提高磷的利用率。