臭氧水的使用方法因不同的應用場景而異。以下是一些常見的方法：
消毒。首先準備適量的臭氧水，打開臭氧水發生器的電源，待工作指示燈亮起後，將臭氧水加入發生器內，注意不要超過最大容量，根據需要調節臭氧水的濃度，一般建議選擇適中濃度，將需要消毒的物品或空間放入消毒室內，按下消毒開關開始消毒，消毒時間到達設定時間後，按下消毒結束開關，待設備內的臭氧水消失後關閉電源開關。
創面清洗。先用臭氧水對創面進行清洗消毒，然後使用套袋法或杯罩法進行臭氧燻蒸治療，每天1~2次，每次10~20分鐘，臭氧濃度爲5~10mg/L，流量爲0.2~0.6L/min，在創面上塗敷臭氧油膏，一日3~5次。
頭部洗浴。常規洗頭後，用經臭氧處理的水撩洗頭部和頭髮5分鐘，可用於頭屑過多、脫髮過多或偏頭痛的治療。
眼睛浴。用杯子裝滿臭氧水，放在眼睛前，邊通入臭氧邊半閉眼，讓水和臭氧衝擊眼睛，共5分鐘左右，可改善微循環，緩解眼部疲勞。
耳浴。用杯子裝滿臭氧水，放入4根棉籤，邊通臭氧邊用溼棉籤甩半乾清潔耳朵，有中耳炎的患者可用臭氧氣距耳洞遠些吹1~2分鐘。
鼻腔浴。慢性及過敏性鼻炎患者可用經臭氧水處理的毛巾清洗鼻腔，或用杯子裝滿臭氧水放在鼻子前面燻鼻子。
口腔浴。用於口腔潰瘍、咽喉炎、牙齦腫脹等的治療。
溼敷、衝淋、局部浸泡。使用特定型號的臭氧水治療儀進行操作。