臺南孔廟有著悠久且深厚的歷史淵源，為台灣保存最完整、最具代表性的古建築群。它始建於明永樂十五年，已有五百年以上的歷史，雖然曾經幾度被毀，但每次都由士民捐資重建，因此保存了許多古物，如明、清碑記，木雕等，都是極具歷史文化價值的古物。
在這座孔廟裡，也留下了許多歷史故事。例如，在清朝康熙年間，鄭成功之子鄭經曾在孔廟內設祭台座，親自祭孔，足見鄭氏家族對儒學的崇尚。又如大成殿的木雕龍柱，是清朝雍正年間的作品，龍柱上雕刻的蟠龍栩栩如生，呼之欲出。
此外，臺南孔廟也是歷史事件的多發地。日軍佔領台灣時，曾將大成殿燒燬，後由士紳黃德興捐資重新修建。1958年國軍軍人毆打祭孔學員事件也在此發生，當年兩名憲兵對學員出手後離開時卻自放鞭炮尋樂，學員報警後將兩人抓獲。
以上就是臺南孔廟的一些歷史故事，這些故事無不體現了這座古建築群的重要性和文化價值。