芥菜本身具有一定的苦味，這主要是由於其含有一種名為異疏氰酸酯的化合物，這種化合物在代謝後會生成具有苦味的異硫氰酸化合物。此外，芥菜中還含有鞣酸和苦味素，這些物質也都帶有苦味，尤其是苦味素，它的形成與植物生長時水分和肥料的供應情況密切相關，生長環境越貧瘠，苦味素含量越高，因此苦味也越重。
芥菜的苦味在一定程度上可以反映其生長環境的貧瘠程度。此外，芥菜的味道還受到採摘時是否有肥料殘留的影響，如果採摘時沾有肥料，也可能導致芥菜帶有苦味。
為了減少芥菜的苦味，可以通過烹飪的方式來處理，例如將芥菜炒熟或煮沸，這樣可以顯著降低其苦澀味。此外，芥菜本身雖然苦，但也含有糖分，因此其苦味中帶有一定的甜味。