蓮霧常見的病害包括：
炭疽病。炭疽病會危害蓮霧的果實和葉片，初期表現爲褐色斑點，隨後斑點深入果實內部導致腐爛。可以使用代森錳鋅或甲基託布津等藥劑進行噴灑防治。
果腐病。果腐病導致蓮霧果實出現水漬狀、褪色斑點，逐漸變爲淡黃褐色或淡紫色，最終變爲深紫色或黑色。可使用阿米西達、百泰等藥劑進行噴霧防治。
東方果蠅。東方果蠅吸引於蓮霧的香味，主要危害果實，幼蟲會吸取果實營養，導致果實腐爛。可使用馬拉松等藥劑進行防治。
薊馬。薊馬對蓮霧樹的葉子和花朵造成危害，影響果實成熟。可使用高效氯氟氰菊酯、溴氰菊酯等藥劑進行防治。
綠葉蟬。綠葉蟬危害蓮霧的新生枝幹和葉片，導致枝葉問題。可使用對硫磷等藥劑進行防治。
疫病。疫病主要危害蓮霧的成熟果實，導致果實腐爛和落果。需注意田間衛生，清除病果。
此外，蓮霧種植時還可能出現由病原菌引起的果脯病，其特徵是果實上形成刺狀褪色斑或淡紫色斑，病斑擴大後導致果實幹枯。