藥師佛的十二大願是藥師琉璃光如來在成佛時發下的十二種誓願，旨在救度眾生，具體內容如下：
第一大願。願自身光明照耀無量世界，以三十二大丈夫相和八十隨形莊嚴其身，使一切有情皆如我無異。
第二大願。願身如琉璃，內外明徹，光明廣大，功德巍巍，使幽冥眾生得以開曉，隨意所趣，作諸事業。
第三大願。願以無量智慧和方便，令諸有情皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。
第四大願。願使行邪道者安住菩提道中，聲聞、獨覺乘者皆以大乘安立。
第五大願。願使修行梵行者皆得不缺戒、具三聚戒。如有毀犯，聞我名後還得清淨，不墮惡趣。
第六大願。願使身體下劣、諸根不具者，聞我名後皆得端正、黠慧，諸根完具，無諸疾苦。
第七大願。願使眾病逼切者，一經我名，眾病悉除，身心安樂，家屬資具悉皆豐足。
第八大願。願使女人轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。
第九大願。願使諸有情出魔罥網，解脫外道纏縛，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。
第十大願。願使受王法所加者，得以我福德威神力故解脫一切憂苦。
第十一大願。願使饑渴所惱者得以滿足其身和心之需。
第十二大願。願使貧無衣服者得以充足的衣物和一切寶莊嚴具。
這些願望體現了藥師佛對眾生的深切關懷和大慈悲心。