清除蛆蟲的方法有多種，可以根據具體情況選擇合適的方法：
煮沸法。在蛆蟲聚集的地方，如垃圾桶，煮沸一大鍋水，小心地倒在蛆蟲身上。如果可以的話，把垃圾桶蓋蓋上，保持內部的高溫。
矽藻土法。矽藻土是一種沉積岩，廣泛套用於清潔和殺蟲。把矽藻土噴在蛆蟲身上，等待它們死亡。矽藻土會粘在蛆蟲體表，慢慢脫去蟲體水分，之後蛆蟲就會因為內外滲透壓不足而死亡。
石灰或鹽巴法。石灰或鹽巴可以導致蛆蟲缺水而亡。
水醋法。用水和醋的混合液清理，可以避免之後蛆蟲再犯。
老式啤酒陷阱。用開口容器盛放一點啤酒，放在蛆蟲旁。一般蛆蟲就會被啤酒味吸引，然後爬到啤酒杯里淹死。
冷凍法。把蛆蟲放到可密封塑膠袋里，把它們凍死。這種方法適合處理少量蛆蟲。
水淹法。在糞池中灌入冷水，使蛆浮於水面，能殺死95％—100％的蛆。
悶殺法。蛆需要氧氣，又怕高溫，將熱灰撒在糞便上，便能消滅了。
使用殺蟲劑。使用長效殺蟲劑噴灑在蛆和穢物上，滯留在所噴的表面，不但殺死了現存的蛆，未來的蛆亦無法生長。
在選擇清除蛆蟲的方法時，應考慮蛆蟲的數量、所處的環境以及是否對人體安全。使用殺蟲劑時尤其要注意安全，避免直接接觸皮膚或吸入有害氣體。