"那你什麼意思"這句話中的"那"是一個指示代詞，用來指稱較遠的人或事物，與"這"相對。"那"的本義是我國古代西部地區少數民族諸侯國名，由於這一地區的人鬍鬚、毛髮多而重，所以引申泛指多，多毛髮是男子美的表現，所以又引申為美好。"那"又引申指移動，借作指示代詞，指稱較遠的人或事物，與"這"相對，還用於復指上文的情況，兼有承接作用。"那"還可以用作連詞，用以承接假設的前句，相當於"那麼"。
"那你什麼意思"這句話中的"意思"是指話語或文字所包含的內容或意圖。
綜上，"那你什麼意思"這句話的意思是詢問對方所說的話或所做的事情的含義或意圖是什麼。