如果發現重複報稅，可以採取以下措施進行處理：
及時聯繫主管稅務機關：對於個人所得稅的重複申報，應及時聯繫主管稅務機關進行處理。一般來說，可以辦理重複申報退稅的手續，還可以申請更改申報內容。
書面更改申請：如果需要更改申報內容，則必須在規定的期限內向主管稅務機關提出書面更改申請，並等待稅務機關覈准後再進行辦理。
延期辦理：在不可抗力等原因導致不能按期辦理更改申報的情況下，可以延期辦理，但是需要在不可抗力消除之後立即向稅務機關報告，並經過稅務機關覈准同意後方可辦理。
逾期更正：在出現逾期更正的情況下，只能到辦稅廳進行辦理。需要攜帶一般辦稅資料，填寫電子版的“扣繳個人所得稅報告表”，並將電子版表格所在U盤帶過去，在大廳填寫紙質綜合申報表即可。
稅局網站操作：可以在稅局網站作廢或者更正，選擇“申報繳納”--申報錯誤更正。
防止重複報銷的措施：包括加強公司報銷內控，建立重複報銷的懲罰機制，規範員工的報銷截止時間，鼓勵當月費用當月報銷，所有費用次月月底前必須完成報銷申請，加強對逾期報銷發票的審覈程序。
使用智能化工具：創建excel統計，使用各種記賬軟件，通過掃描提取發票代碼、號碼由計算機進行比對，或者使用電子發票夾將發票信息採集並進行存儲，同時判斷髮票是否報銷等一系列問題，來降低財務人員工作量。