阿米巴模式作為一種經營管理體系，雖然有許多優點，但也存在一些弊端。以下是阿米巴模式可能帶來的問題：
易導致內部漠不關心甚至惡性競爭。阿米巴模式鼓勵內部競爭，但過度的競爭可能會破壞團隊合作和內部團結，導致成員只關注本阿米巴的成績，忽視其他阿米巴的情況，甚至可能引發惡性競爭。
要求企業具備一定的基本功。阿米巴模式要求企業具備較高的管理精細度和信息化水平，包括數位化的可視化和準確的數字記錄，這對企業的現場管理、員工培訓和信息系統建設都提出了較高的要求。
會計指標可能導致短期行為。阿米巴的會計指標傾向於削減費用，這可能導致企業過度關注短期成本降低，而忽視長期投資和創新。
缺乏及時的評價溝通和反饋。溝通反饋對於解決員工之間的矛盾和衝突、統一思想至關重要，但在一些企業中，由於管理人員的素質參差不齊或績效考核分配不合理，可能導致對阿米巴模式的理解不同步。
可能導致內部交易價格失衡。阿米巴模式下的內部交易可能導致價格和成本分擔的不公平，從而引起員工的不滿。
可能過度開發人才。阿米巴模式鼓勵各單元追求成本最小化和銷售最大化，這可能導致對人才的過度開發和使用。
可能導致數據不真實。由於需要記錄和匯總大量的數據，阿米巴模式可能導致數據記錄不準確，影響決策的準確性。
因此，企業在實施阿米巴模式時，需要綜合考慮自身條件和管理能力，確保能夠有效地解決這些問題。