使用飛機杯的方法主要包括以下步驟：
初始清潔。首次使用飛機杯時，建議先用清水將杯內外的表面沖洗乾淨，儘管新購買的飛機杯可能相對乾淨，但爲了衛生考慮，清潔一遍是必要的。
使用潤滑液。清潔後，在飛機杯的入口處塗抹適量的潤滑液。注意不要節省或不使用潤滑液，因爲缺乏潤滑可能會導致過度摩擦，從而損傷生殖器。應使用水性潤滑液，硅基潤滑液可能與飛機杯的材質反應，導致有害物質釋放。
開始使用。塗抹潤滑液後，可以將生殖器放入飛機杯中享受。初次使用時，建議慢慢進行，以便適應。如果感覺內部潤滑不足，可適時補充潤滑液。
清潔保養。使用完畢後，徹底清潔飛機杯至關重要。不乾淨的清潔可能會導致黴菌生長或體液殘留，這會影響飛機杯的使用壽命和衛生狀況。
此外，在使用過程中，可以根據個人喜好調整插入的深度和節奏。有些飛機杯具有特殊功能，如震動等，可以增強體驗。使用後，應將飛機杯存放在乾燥、避光的地方。