馬丘比丘的發現歸功於美國考古學家海拉姆·賓厄姆三世。他在1911年7月攀登安第斯山脈時，意外地發現了這片被叢林深處的廢墟。賓厄姆和他的團隊在探索崎嶇的地形時，偶然看到了一系列隱藏的古城廢墟。這些廢墟上長滿了植被，已經被遺棄了幾個世紀，但賓厄姆立即意識到了它們的重要性。他原本以爲發現的是比爾卡班巴，但後來意識到這是一箇完全不同的地點，並將其命名爲馬丘比丘（Machu Picchu），在克丘亞語中意爲“古老的山峯”。
然而，有資料指出，馬丘比丘其實在賓厄姆到達之前就已經被人發現。祕魯農民Agustin Lizárraga在1902年7月14日燒荒時，不慎點燃了覆蓋在馬丘比丘上的叢林，從而露出了古城遺蹟。Lizárraga在三窗神廟的一面牆上雕刻下自己的名字“A. Lizárraga 1902”，但遺憾的是，石碑和記錄都已經不可考，這位勇敢的農民在試圖重返馬丘比丘時遭遇不幸，連同他偉大發現的證據一起消失在歷史的洪流中。
賓厄姆對馬丘比丘的細緻記錄和保存爲考古實踐樹立了新標準，並激勵了一代又一代的學者和研究人員。