鼠害防治工作流程制度主要包括以下幾個步驟：
防制前鼠害情況調查。這包括使用特定的器材和方法進行鼠跡檢查。需要的器材有粉塊檢查法所需的硬紙片、醫用紗布、滑石粉、小木棍，以及鼠跡檢查所需的器材如手電筒和筆記本。
春季農區害鼠發生與防治。這個時期，隨著氣溫回升和鼠糧短缺，農田害鼠開始進入覓食、繁衍和活動頻繁時期，可以採取一系列措施進行防治，如清除田間雜草、荒地，水渠實行「三面光」，進行堵、挖和搗毀田間鼠洞，集中處理落果、爛菜，合理安放滅鼠屋，創造不利於害鼠發生的生態環境。
使用器械和藥物防治。在鼠洞口附近安放鼠夾、鼠籠、粘鼠膠、電子捕鼠器等器械，採用水淹法、扣捕法等方法滅鼠。注意放置鼠籠（夾）要適當偽裝，以提高捕殺率。全面落實「全方位、五統一」的毒鼠行動，做到統一指揮、統一組織、統一行動、統一方法、統一使用毒餌，以確保證滅鼠防治效果。
選用高效低毒的藥物。如抗凝血類藥劑敵鼠鈉鹽等，自製毒餌可將10毫升0.05%敵鼠鈉鹽母液用溫水均勻稀釋10倍，再倒入500克米谷或玉米粒中，攪拌均勻至藥液吸乾為止，晾乾。
以上步驟綜合了非化學方法和化學方法，旨在全面、有效地控制鼠害。