《Crysis 3》的故事發生在紐約，一名叫做奈特華的男子被強制執行了神經網路植入，被賦予了超能力，但同時也被強行綁架到了納米島的內部，隨後在神經網路的影響下被帶到了外太空並送回了地球。在這整個過程中，還順帶連線了遊戲裡的三大派系互相鬥爭的線索。不過到了遊戲中，玩家的行動卻會影響到遊戲的整個結局
。而第一代中那些經典的設計比如"鷹眼"系統在續作中又回歸了，還會為玩家提供不同的遊戲策略，全新推出的"小隊背包"可以讓玩家指揮隊友進行戰鬥，還可以給隊友裝備武器。只是"神經網路"植入可能會讓一些玩家感到不適，可能會影響角色的心理狀態和行為。
更多《Crysis 3》的故事，建議查閱遊戲官網。