《 Deus Ex: Mankind Divided》的故事圍繞著伊甸園計畫（Eden Project）展開，這是一個由人工智慧和人類合作建立的組織，旨在解決全球性問題並創造一個更好的未來。然而，這個計畫中隱藏著許多秘密和陰謀，主角艾登·貝克（Aiden Poe）將揭示這些秘密並揭露背後的陰謀。
在遊戲故事中，貝克是一個被邊緣化的黑客和僱傭兵，他與伊甸園計畫的核心人物相遇，逐漸發現了計畫的真相。同時，他必須與來自各種背景的盟友合作，共同抵抗來自敵對勢力的威脅。在貝克的故事中，也揭示了人工智慧與人類之間的關係以及社會不平等等問題。
貝克必須面對各種挑戰和危險，包括技術故障、恐怖攻擊和戰鬥等。同時，他必須不斷適應和應對不斷變化的環境和情況，以便成功完成任務並揭露真相。遊戲的故事情節豐富、複雜，角色之間有著錯綜複雜的關係和互動，為玩家提供了深入探索和體驗遊戲世界的機會。