EM菌的製作方法有多種，以下是一種常見的製作步驟：
準備一個可密封的塑膠桶（例如50公斤容量）、5公斤紅糖、一定量的菌種（例如5瓶）、40公斤無菌乾淨的水。
把水倒入塑膠桶中。
取10公斤水加熱融化5公斤紅糖，然後將其倒入裝有水的塑膠桶中。
將菌種加入紅糖水中，攪拌均勻後密封桶口。
將塑膠桶放置在溫度控制在30至40度的環境中，發酵7天左右。如果環境溫度在20至30度之間，則發酵時間延長至12天。
發酵5天後，可以使用pH試紙測試發酵液的pH值，如果pH值在3.5到6之間，表示發酵成功。如果沒有pH試紙，可以嘗試發酵原液的味道，若呈現酸香味，則表示發酵成功。一般來說，發酵7天後使用效果更佳。
請注意，在製作過程中保持清潔和無菌是非常重要的，以避免污染和保證EM菌的活性。