FAT32檔案系統的簇大小支持多種選項，具體包括：512、1024、2048、4096、8192、16384、32768和65536（64KB）位元組。在實際套用中，FAT32驅動器的分配單元大小（即簇大小）通常推薦在4KB到16KB之間。對於32GB的FAT32驅動器，可以將分配單元大小設定為16KB。一般來說，較小的簇大小可以提高硬碟空間的使用效率，而較大的簇大小則可能降低存儲效率。大多數系統默認的最佳簇大小為4KB（4096位元組），但在較大的分區上，一些系統可能使用16KB或32KB的簇大小。例如，在FAT32檔案系統中，採用較小的簇大小（如4KB）相比FAT16檔案系統（如32KB）的分區可以提高存儲效率約15%。