NDS操作方法主要包括硬體操作和模擬器使用兩個方面。
硬體操作方面，NDS設備擁有以下主要特徵和按鈕：
液晶螢幕。上下螢幕均為半透過反射型TFT彩色液晶顯示螢幕，下螢幕支持輕觸屏操作。
喇叭。立體聲設計。
操作按鈕。包括十字鍵、A鍵、B鍵、X鍵、Y鍵、L鍵、R鍵、Start鍵、Select鍵，以及麥克風和耳機/麥克風連線端子。
在使用NDS模擬器時，操作方法類似於在實體NDS設備上遊戲，但通過觸控螢幕幕進行操作。模擬器安裝格式通常為apk，安裝後運行模擬器，載入遊戲Rom即可開始遊戲。遊戲中可以通過點擊底部的導航欄進行多種操作，如休眠、切換螢幕模式、保存遊戲進度等。模擬器的設定包括視頻設定（如快進速度、畫面渲染效果）、音頻設定，以及虛擬按鍵設定，以適應不同的遊戲需求和玩家偏好。
通過這些操作和設定，玩家可以在NDS模擬器上享受豐富的遊戲體驗。