蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）是指兩個或兩個以上的蛋白質分子通過非共價鍵形成蛋白質複合體的過程。這些蛋白質複合體參與生物信號傳遞、基因表達調節、能量和物質代謝及細胞周期調控等生命過程的各個環節。
PPI網路中的每個結點代表一種蛋白質，兩個點之間的一條邊代表他們之間的有相互作用的關係。通過PPI網路，可以預測可能存在相互作用的蛋白質，並對其進行實驗驗證，從而大大減小工作量。
進行PPI分析的工具包括STRING資料庫和Cytoscape軟體。STRING資料庫是一個線上工具，用於構建蛋白質互作網路，而Cytoscape軟體則用於可視化這些網路。