主控站是導航衛星地面站的核心，具有以下主要作用：
數據收集。主控站負責從各個監測站收集數據，這些數據包括GPS衛星的觀測數據和其他相關信息。
數據處理。主控站利用這些數據計算出衛星星曆、軌道參數、鐘差參數等精密導航信息，並向用戶提供。
監測與協調。它還負責監測和管理整個GPS系統，確保系統的正常運行和穩定性。
控制衛星。主控站負責調整衛星軌道和衛星鐘讀數，並在衛星出現故障時，負責修復或啟用備用件以維持其正常工作。
信息生成與注入。主控站根據處理後的數據生成導航信息，如位置、速度、時間等，並將其注入到衛星中。
此外，在廣州捷運系統中，主控站指的是大客流換乘站或列車擁擠度較高的車站，其在捷運系統中起著均衡客流、提高運輸效率的作用。