二本和三本的區別主要體現在以下幾個方面：
高校性質。二本主要是省屬本科院校和普通公辦本科院校，而三本主要是民辦性質的本科院校，包括獨立學院和民辦高校。
財政資助和社會認可度。二本作為公辦高校，通常可以獲得財政資助，社會認可度相對較高；三本由於主要是民辦性質，獲得財政資助的機會較少，社會認可度相對較低。
錄取批次和分數線。二本和三本的錄取批次不同，二本在三本之前錄取；三本的錄取分數線通常比二本低。
辦學水平。三本的辦學水平相對較低，而二本的辦學水平相對較高。
學科設定。二本學校的學科設定更加完善和多樣化，而三本學校的學科設定相對單一，專業範圍較窄。
學費。二本學費一般相對較低，三本院校的學費普遍較高。
總的來說，二本和三本在高校性質、財政資助、社會認可度、錄取批次、分數線、辦學水平、學科設定以及學費等方面存在顯著差異。