南京二日游自由行攻略如下：
第一天：
早上到達：乘坐動車到達南京南站，選擇新街口附近的酒店住宿，這裡位置便利，有多種酒店選擇。
早餐：在新街口附近的明瓦廊享用早餐，這裡有各種小吃。
古雞鳴寺：前往古雞鳴寺，可以在湖邊吹風或湖心劃船。
老門東：前往老門東吃小吃，打卡金陵美術館和德雲社。
夫子廟與江南貢院：前往夫子廟、江南貢院、烏衣巷參觀拍照。
晚餐：在鹹亨酒店享用南京傳統美食。
夜遊秦淮河：夜遊秦淮河，體驗南京的夜景。
第二天：
鐘山風景區：早起前往鐘山風景區，按照明孝陵、美齡宮、中山陵音樂台的順序參觀。
午餐：在李記清真館享用牛肉鍋貼。
下午活動：返回酒店附近休息，或探索其他景點。
晚餐：根據個人喜好選擇南京其他美食餐廳。
注意事項：
南京捷運內不能吃東西，違反者將被罰款。
南京的口味偏甜，如果不習慣，可以嘗試一些辣的或酸的食物。
大部分景點需要提前預約，周一閉館，注意安排時間。
以上行程僅供參考，具體可根據個人興趣和時間靈活調整。