媽祖被稱為大媽、二媽等不同的稱呼，主要是因為媽祖信仰在發展過程中，出現了不同地區的民間信仰和廟宇，這些廟宇中的媽祖神像或神祇被賦予了不同的角色和職責。例如，大媽通常是指官方代表的媽祖，地位崇高，能夠直接與上天聯繫；而二媽則負責處理雜事和協調各個神明之間的問題，因此具有較高的威嚴。這種分類和稱呼隨著時間的推移逐漸演變，形成了不同的類別和角色。
另一方面，泉港地區的居民將林默娘、陳靖姑和劉益娘三位女神並稱為大媽、二媽和三媽。林默娘因為做了許多好事並具有超人本領，被人們尊為大媽，以紀念她的功德並祈求她的庇護。當地居民為了紀念林默娘的功德，合力建起了第一座媽祖廟。隨著時間的推移，關於林默娘顯靈救護船民的傳說越來越多，使得媽祖信仰在泉港地區得到了廣泛的傳播和崇敬。
綜上所述，媽祖被稱為大媽、二媽等不同的稱呼，是因為在不同地區和廟宇中，媽祖神像或神祇被賦予了不同的角色和職責，以及民間信仰的發展和傳播。