巢蜜的食用方法有多種，主要包括：
直接咀嚼。將蜂巢蜜連巢帶蜜放入口中慢慢咀嚼，直到甜味消失後，將巢吐出，這樣可以充分吸收蜂巢蜜的營養。
含服。將蜂巢蜜撕成小塊，放在舌頭下面含服，類似於含糖塊的方式。
泡水喝。將蜂巢蜜放入40℃以下的溫水中，攪拌加速溶解，然後用來泡水喝，這樣口感較好。
炒雞蛋。將蜂巢蜜烘乾磨成粉，然後用來炒雞蛋，可以避免在炒雞蛋時添加鹽。
泡酒。將蜂巢蜜放入高度白酒中，這樣製成的蜜酒具有滋補、壯陽、生熱的作用。
浸泡食醋。將整個蜂巢蜜浸泡在食醋中，每天取適量在口中嚼服，並吐出渣滓，這種方法不僅可以延長蜂巢蜜的保質期，還有助於去除面部痘痘。
需要注意的是，腹瀉患者食用蜂巢蜜可能會加重症狀，應避免食用。此外，蜂巢蜜中的糖分和活性物質含量較高，對於過敏體質、糖尿病患者以及正在服用藥物的患者應謹慎食用。