常用的染色方法主要包括：
簡單染色法。也稱為普通染色法，使用一種染料使細菌著色，主要用於在顯微鏡下觀察細菌形態，其步驟包括塗片、乾燥、固定、染色、水洗和鏡檢，染色時間根據不同的染色液而定。
革蘭氏染色法。是細菌學中重要的鑑別染色法，通過該方法可將細菌分為革蘭陽性菌(G+)和革蘭陰性菌(G-)兩大類，其步驟包括初染、脫色和復染。
抗酸染色法。用於區分抗酸桿菌和非抗酸桿菌，其步驟包括初染、脫色和復染。
芽孢染色法。由於芽孢壁厚且透性低，著色和脫色都較困難，常用的染料如孔雀石綠在加熱條件下進行染色，使菌體和芽孢分別染成不同顏色，便於區分。
此外，還有其他染色方法，如Fontana鍍銀染色法、蓋梅尼次染色法、乳酸酚棉藍染色法、莢膜染色法和鞭毛染色法等。