於姓的起源主要有以下幾種說法：
出自姬姓，以國為氏：
西周初年，周武王姬發的第二個兒子被封在邘（今河南沁陽市北部西萬鎮邘邰村），建立邘國。邘叔的子孫以於姓為國氏為邘氏，後去掉「邑」旁為「於」氏。這是今天中華於姓正宗，出自姬姓，是西周王族的後代，其得姓始祖為邘叔。
出自子姓，以國為氏：
另一種觀點認為，早在商代就有於（盂）國，已經出現子姓於氏，始祖為商王武丁之子，祖地在今河南睢縣。但這種說法歷代姓氏書上失載，於氏家譜亦不認同。
出自淳於氏改姓：
唐憲宗李純時，為了避諱（淳與純音同），淳於氏被改成了於姓。
少數民族改姓於氏：
在少數民族中，蒙古、達斡爾、鄂倫春、土家、回、錫伯、朝鮮等族均有於姓。
於姓早期主要在發源地繁衍，西漢時發展到山東，後來形成了著名的郡望東海郡。十六國時，東海郡的一支播遷於山西和河北一帶，這支於姓發跡於北魏代地，即今山西大同市一帶。北魏時期，發展到河南洛陽，南北朝隋唐時期在河南洛陽繁盛一時，形成於氏另一個著名郡望河南郡。後來於謹跟隨西魏孝武帝入關，後周武帝下令應從入關之後並為京兆長安（今陝西西安市）人，隋、唐定都長安，於姓隨政治中心的轉移而紛紛遷於京兆，從而形成了於姓的另一個郡望：京兆。宋元以來，逐漸播遷於全國各地。