日本酵素有三種類型，包括酵素顆粒、酵素粉和酵素原液。服用酵素顆粒通常建議在飯後半小時內，每天1到2次；酵素粉可以在飯前一小時或飯後半小時食用，每天2到3次；酵素原液則可以在喝果汁時加入，每天2到4次。
對於特定類型的酵素，如夜間酵素，建議在晚餐或宵夜後服用，每天1到3次。也可以在早上或晚上空腹時服用，早晚各一次。如果需要一天多次服用，應保持至少30分鐘以上的間隔。
服用酵素原液時，建議每日早晚分別服用30ml左右，用40℃以下的溫水稀釋8到10倍後服用。飯前或飯後均可，但腸胃敏感的人建議飯後半小時再服用。使用酵素原液時，30ml原液兌在150ml冷水中，注意不要使用熱水以避免破壞酶的活性。喝法有多種選擇，例如可以代替三餐中的一餐，或者早晨空腹喝以改善便秘。
總體來說，服用酵素的頻率和時間可以根據個人情況和產品說明進行調整，但一般建議每天至少服用1到3次，保持間隔至少30分鐘以上。