"根本上的意思"主要指事物的根源或最主要的問題，強調基礎或本質，涉及到事物的本源、根基。它可以表示：
事物的根源或最主要的問題：應當從根本上來考慮解決問題的方法。
重要的、起決定性作用的：不要迴避最根本的問題。
本來；從來：這話我根本沒說過。
從頭到尾；始終；全然（多用於否定式）：他根本就沒想到這些問題。
徹底：問題已經根本解決。
基礎或本質：根本原因、根本的基礎學科。
完全：我根本就不贊成你的主張。
此外，"根本上"還可以表示事物的根源、基礎、最主要的部分，來由，全然，從來；本來等含義。它也可以表示radically，即根本地；徹底地；完全地；激進地。