《田耕紀》的結局可以分為遊戲內的結局和現實世界的結局兩個部分。
在遊戲內的結局中，連蔓兒成功幫助連家擺脫了貧困，打敗了武仲廉和劉富貴等惡人，並與沈諾相愛。在安頓好連家的事情後，連蔓兒準備離開遊戲。沈諾不願讓她走，決定陪她一起離開，承諾春耕秋收，不離不棄。然而，遊戲突然出現故障，沈諾的身份被曝光，原來他也是穿越者，遊戲的開發者之一。為了保護連蔓兒，沈諾讓她先走，自己留下來面對遊戲的崩潰，最終消失在連蔓兒面前。
在現實世界的結局中，連蔓兒從遊戲中醒來，發現自己身在一個實驗室，面前是沈諾，遊戲的開發總監。沈諾告訴連蔓兒，他為了測試遊戲效果，自己也進入了遊戲。因為遊戲漏洞，他失去了記憶，不知道自己和連蔓兒的身份。他表達了對連蔓兒的愛情，兩人決定在現實中重新開始。番外中，兩人成為了遊戲的代言人，並有了兩個兒子，生活幸福美滿。
此外，番外中揭示了沈諾的真實身份是沈逸，遊戲的創始人。連蔓兒在遊戲中與沈諾的愛情並非與NPC的虛擬愛情，而是與一個真實存在的開發者之間的故事。這一真相讓兩人的愛情在現實中得到了新的可能。
總的來說，《田耕紀》的結局既充滿了情感的高潮和轉折，也留下了足夠的想像空間給觀眾。