籽棉的加工流程主要包括以下幾個階段：
準備階段。此階段主要是對籽棉進行預處理，包括控制籽棉的水分，使之適合加工要求；充分松解籽棉，而不損傷纖維及棉籽；最大限度地清理雜質。預處理的目的是為後續加工提供含水適宜、充分鬆懈且清除了大部分外附雜質和部分原生雜質的籽棉。
加工階段。在這個階段，會對籽棉和棉籽進行軋、剝處理，對皮棉、短絨進行清理，對不孕籽等下腳料進行清理回收，以獲得棉花加工廠所需的多種產品。
成包階段。此階段是將鬆散且富有彈性的皮棉、短絨壓縮成型、包裝，便於運輸、儲存和保管。打包是最後一個環節，確保皮棉的質量，如均勻性、無雜質等。
此外，棉花加工過程中還需注意回潮率與加工質量的關係，確保棉纖維的強度和彈性，同時避免水分過高導致的儲運和保管困難。