自製水果酵素的做法有多種版本，以下是一種常見的做法：
準備水果和容器。選擇多種水果，如橙子、檸檬、蘋果等，確保這些水果徹底清洗乾淨，然後晾乾水分。同時，準備一個可以密封的容器，確保其內部無油無水。
水果處理。將水果去皮去核，切成小塊或薄片。檸檬需要去籽。
分層平鋪。在容器底部鋪一層冰糖，然後依次鋪上水果片，再鋪一層檸檬，重複這個過程直到容器容量的7到8成滿，留出至少20%的空間以防發酵時溢出。
封頂。最後一層用檸檬覆蓋，檸檬上面再鋪一層糖。可以在發酵過程中不斷加入剩餘的冰糖。
排氣和發酵。將容器密封，放置在室溫下進行發酵，適宜溫度為20°C到35°C。發酵過程中，可以打開手動放氣閥以排氣。
攪拌和觀察。一般發酵至第3天開始出現白色泡沫，這是正常現象。可以隔天或隔2到3天用消毒後的不鏽鋼漏勺攪動上面的水果，確保它們完全浸入液體中，避免發霉。
完成和保存。大概發酵3周至1個月後，觀察到瓶內不再冒氣泡即表示首期發酵完成。此時可以飲用，但建議繼續密封發酵2到3個月以達到更佳風味和效果。
注意，在整個過程中要保持清潔和無菌狀態，以避免酵素變質。