色蛋白是由蛋白質和色素組成的結合蛋白質，種類繁多。其中，含有卟啉類的色蛋白尤爲重要。以下是一些常見的色蛋白：
血紅蛋白：由珠蛋白和血紅素組成，血紅素是由原卟啉與一箇二價鐵原子構成的化合物。
肌紅蛋白：存在於肌肉細胞中，起貯存氧的作用，其分子量爲17000，一箇分子結合一箇血紅素。
細胞色素c：由蛋白質和鐵卟啉組成。
過氧化氫酶：在紅血球和肝臟中大量存在，可分解過氧化氫。
細胞色素氧化酶：一種在組織細胞中進行細胞呼吸的酶蛋白質。
此外，還有含有生色基團的蛋白質，例如葉綠體中含有的葉綠素和類胡蘿蔔素的蛋白質。