菌種種植方法因食用菌種類和栽培條件的不同而有所區別。以常見的蘑菇為例，種植方法主要分為以下幾種：
畦地栽培。選擇地勢高燥、排水良好的場地，如早稻田或果園、宅旁等。深翻土壤，澆氨水和敵敵畏消毒。播種後控制溫度和濕度，覆蓋土層，管理出菇。
溫室栽培。在溫室內設定菇床，模仿自然環境條件進行栽培。
家庭栽培。使用木耳、香菇、金針菇等食用菌的家庭栽培套裝。將菌種接種到浸泡過的基質（如木屑、麥秸、菜籽殼等）中，保持適宜的溫度、濕度和通風條件。
自製菌種栽培。利用廢紙、鋸末等材料作為基質，接種平菇等蘑菇菌種，然後進行培養。
稻草或乾草栽培。處理好的稻草或乾草裝入容器，接種蘑菇菌種，放到陰涼通風處。
每種方法的具體步驟和條件可能有所不同，但關鍵要素包括合適的基質、溫度控制、濕度管理、通風和光照條件。根據可用資源和環境條件，可以選擇合適的栽培方法。