螺旋藻和小球藻主要在分類、生長環境、營養成分和細胞結構等方面有不同。
分類和生長環境：螺旋藻屬於藍藻門、藍藻綱、顫藻科、螺旋藻屬，是一種古老的低等原核單細胞或多細胞水生植物，呈螺旋狀藍綠色，適於高溫鹼性環境，在淡、鹹水均有的生，長於鹼水湖、一些海洋環境和鹽鹼湖；小球藻屬於綠藻門、綠藻綱、小球藻科、小球藻屬，是一種普生性單細胞綠藻，常單生，也有多細胞聚集，細胞球形或橢圓形，內有一箇周生、杯狀或片狀的色素體，生淡水裏和水底的物體上，有時生於纖毛蟲和水螅體上。
營養成分：螺旋藻是自然界營養成分最豐富、最全面的生物，富含高質量的蛋白質、γ-亞麻酸的脂肪酸、類胡蘿蔔素、維生素，以及多種微量元素如鐵、碘、硒、鋅等；小球藻是一種優質的綠色營養源食品，具有高蛋白、低脂肪、低糖、低熱量以及維生素、礦物質元素含量豐富的優點，並且具有某些特殊醫療保健功能。
細胞結構：螺旋藻是多細胞菌類，原核生物，無細胞核，是簡單的有機體，細胞體積大，比小球藻細胞大百倍，肉眼也能看到；小球藻是單細胞植物，真核生物，有細胞核，細胞體積小，需在600倍顯微鏡下纔看得到。
此外，小球藻獨有的小球藻生長因子CGF，是一種具有生物反應修飾作用的活性物質，其生理功能表現爲對於抵抗衰老、活化人體細胞具有重要作用；螺旋藻沒有這種特殊物質。