辣椒疫病的防治方法主要包括農業防治和化學藥劑防治。具體措施如下：
選擇抗病品種。選擇如皖椒三號、中椒七號等抗病性強的品種。
實行輪作。與非茄科作物進行3年以上輪作，如十字花科作物，以減少病菌積累。
種子處理。用55°C溫水燙種15分鐘，或用1%硫酸銅溶液浸種5分鐘，以消滅種子上的病菌。
土壤消毒。使用藥劑如25%甲霜靈、40%乙磷鋁或75%百菌清等，對土壤進行消毒。
培育無病壯苗。使用藥劑如15%霉靈水劑或80%霉·福美雙可濕性粉劑進行苗床處理。
合理施肥和澆水。施足基肥，以腐熟有機肥為主，化肥為輔，合理追施，避免大水漫灌，雨後及時排水。
清除病株。發現病株後立即拔除並深埋，防止病害擴散。
藥劑防治。可使用50%錳鋅·氟嗎啉可濕性粉劑、60%唑醚·代森聯水分散粒劑、34%氟啶·嘧菌酯懸浮劑等藥劑進行噴施或灌根，交替使用不同藥劑以提高效果。
田間管理。合理密植，改善通風透光條件，及時摘除病果、病葉，集中銷毀或深埋。
通過上述綜合措施，可以有效預防和控制辣椒疫病的發生和蔓延。