黑根黴菌落具有以下特徵：
菌落初期通常呈現為灰白色或黃白色，隨著成熟後會轉變為黑色或灰褐色。
菌絲體多分枝，無橫隔膜，含有多個細胞核。
匍匐菌絲呈弧形，無色，向四周蔓延。
孢子囊剛出現時為黃白色，成熟後變為黑色。
菌落可能呈現為疏鬆或稠密的狀態，最初為白色，後變為灰褐色或黑褐色。
黑根霉有無性繁殖和有性繁殖兩種方式。
黑根霉的最適生長溫度約為2~8℃，超過32℃將停止生長。
此外，黑根霉在有性生殖時，兩個不同性別的菌絲體相遇，形成配子囊，頂端相接處的細胞壁消失，原生質融合形成有厚壁的合子，合子休眠和減數分裂後萌髮長出不分枝的菌絲，頂端形成孢子囊，孢子囊產生孢子，由孢子再萌發成新個體。黑根霉在工業上有廣泛的套用，例如可用於澱粉及糖液的發酵、釀酒和制醬等。