HE染色是一種常用的組織學染色技術，主要涉及兩種染料：蘇木精和伊紅。其原理是：
蘇木精是一種鹼性染料，能將細胞核內的染色質和胞質內的核酸染成紫藍色。這是因為細胞核內的DNA呈酸性，但與帶正電荷的蘇木精鹼性染料以離子鍵結合而被染色。
伊紅是一種酸性染料，主要使細胞質、細胞外基質中的蛋白質等呈紅色或粉紅色。伊紅與蛋白質的氨基正電荷陽離子結合，從而使胞漿染色。
HE染色的過程中，蘇木精使細胞核著色，而伊紅則使細胞質和其他成分著色，這樣處理後的組織樣本中的細胞結構和組成清晰可見，有助於病理學家和組織學家進行診斷和研究。