JCR排名和中科院排名是兩種不同的期刊影響因子排名方法。JCR分區採用當年IF排名按(25%、26%～50%、51%～75%、76%～100%)平均分，而中科院分區採用3年平均IF排名按(5%、6%～20%、21%～50%、51%～100%)梯度分。因此，JCR分區Q1有25%，而中科院一區只有5%。如果期刊按照同一計算方式進行IF排名，也就是說期刊的排列順序一樣的情況下，Q1多餘的15%將成為二區，剩餘的5%將成為三區，JCR分區Q2將成為三區，Q3和Q4將成為四區。
在機構排名方面，中科院在全球機構排名中雄踞榜首，連續6年位列自然指數全球首位。在地球與環境科學領域，前20名中，中國共有2家，其中中科院排名第1。在化學領域，前20名中，中國共有6家，其中中科院排名第1。在生命科學領域，前20名中，中國有1家，中科院排名第5。在物理學領域，前20名中，中國共有5家，中科院排名第1。