KEGG Pathway分析是一種用於分析基因在生物體內功能的方法，特別是在代謝途徑方面。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一個廣泛用於基因功能分析和基因組信息的資料庫。在Pathway分析中，通常關注的是差異基因，即在實驗組與對照組之間表達量有顯著差異的基因。這些基因被用來富集到特定的代謝通路上，以了解它們在生物體中的作用和功能。
以下是KEGG Pathway分析的步驟：
數據準備：首先需要準備兩份數據檔案，一份是富集目的基因檔案，另一份是背景基因表。富集目的基因檔案包含要研究的基因，而背景基因表則包含所有基因的信息。
富集分析：使用KEGG資料庫中的Pathway注釋工具來分析差異基因。這通常涉及Fisher精確檢驗和卡方檢驗，以確定哪些Pathway在差異基因中顯著富集。
篩選顯著性Pathway：根據分析結果中的p-value（機率值）和差異基因數量，篩選出顯著性的Pathway。通常，p-value小於0.05的Pathway被認為具有顯著性。
構建分布圖：根據篩選出的顯著性差異基因通路的p-value和所包含的差異基因數量，構建分布圖，以直觀地展示這些Pathway的顯著性水平。
差異基因富集情況：對篩選出的顯著性Pathway進行顏色標註，以顯示差異基因在通路中的上下調關係。
後續研究：根據Pathway分析結果，了解差異基因的功能通路信息，為後續研究提供基礎。
KEGG Pathway分析的結果可以通過散點圖、氣泡圖等圖形化方式來展示，以便於理解和分析。此外，還可以通過結構變異分析來研究RNA序列的變異，如可變剪接、融合基因和點突變等。