分子模擬是一種利用計算機技術和理論方法來模擬分子結構和行爲，以及預測分子的物理和化學性質的方法。
分子模擬在化學、生物學和材料科學等領域有廣泛的應用，可以研究從小型化學分子到大型生物或材料體系的多種體系。這種方法不僅用於模擬分子的靜態結構，還能模擬分子體系的動態行爲。
分子模擬主要包括兩大類，分別是分子動力學模擬和量子化學模擬。分子動力學模擬通過模擬原子和分子隨時間的變化來預測分子的運動和相互作用，通常考慮分子內部的化學鍵、鍵長、鍵角、電荷、靜電勢和範德華力等因素，並結合溫度、壓力、溶劑等外部條件。而量子化學模擬則利用量子力學原理來預測分子的能量、光譜性質、反應中間體和反應路徑等信息，考慮分子的電子結構和電子與原子核之間的相互作用。
分子模擬對於理解分子間的相互作用、反應機理以及設計和優化材料、藥物和催化劑等方面具有重要意義。它不僅可以預測和優化分子的性質，還能指導實驗研究，解釋實驗現象，甚至發現新的化學現象。