木魚的敲打方法主要包括以下幾種：
敲擊棒敲打。這種方式適用於大木魚，將木魚放置在平穩的位置，使用右手握住敲擊棒，放置在左掌心中。敲擊時，眼睛注視木魚，保持手臂、肩膀和手腕放鬆。敲擊棒沿着木魚的中心線垂直落下，敲擊位置集中在半球中央，以保持音色的穩定。
拇指或食指敲打。這種方式適用於小木魚，通常用右手握持木魚，拇指和中指夾住木魚兩側，其餘三指自然彎曲。使用另一手的拇指敲打木魚中心位置，力度應保持均勻，可以根據用途調整敲打力度。
雙手扶持敲打。不敲擊木魚時，雙手應扶持木魚，魚椎位於木魚外側，兩個食指和兩大拇指夾住，其餘六指託着木魚。敲擊時，左手持木魚，右手持木棰（或錘），同樣用拇指、食指、中指持握，魚椎頭與木魚頭向上相對，形成合掌的樣子。敲擊時應保持用力平穩均勻，慢敲時保持同一速度，快敲時由緩入急，逐漸加速。
此外，敲擊木魚時使用的工具通常是木製的棰，棰頭呈橄欖形，以產生清脆洪亮的音色。