深圳最好的日本料理店有幾家，根據不同的評價和推薦，以下是一些值得推薦的日本料理店：
合気屋·居酒屋。以特色日式美食和熱情的服務著稱，特別推薦他們的芝士卷、土豆泥沙達和三文魚刺身。
鮨文Sushi Man。這家店以提供高品質的日本料理而聞名，特別推薦他們的水雲毛蟹、赤海膽壽司和鱈魚白子。
老乾杯。這家店以提供特色的烤肉和日式料理而知名，他們的雞肉釜飯和現切紐約客牛排非常受歡迎。
植庭懷石料理。以提供傳統的日式懷石料理而著名，他們的環境和菜品都非常優雅和精緻。
江葉食堂·居酒屋。以提供平民價格的日本料理而受歡迎，特別推薦他們的醬烤牛舌、海鮮大阪燒和醬燒雞中翅。
這些餐廳都在深圳有很高的評價，提供各種日本料理的特色菜餚，可以根據個人口味和預算選擇適合的餐廳。