菊石滅絕的原因主要包括它們對環境的脆弱性、特化程度高、天敵數量增加以及遭遇了大規模的環境變化。具體如下：
環境脆弱性。菊石的幼體在環境條件不利時容易大量死亡，這是因為菊石幼體對酸性環境的耐受力較弱，相比之下，其他種類的幼體（如鸚鵡螺）則更為強韌。
高特化程度。菊石在進化過程中變得高度特化，這使得它們難以適應環境的變化，一旦環境發生劇變，菊石的生存就受到嚴重威脅。
天敵數量增加。在中白堊紀時期，菊石的天敵數量增加，包括海生爬行動物、大型魚類、新鳥亞綱動物、海龜等，這些天敵對菊石的種群構成了巨大壓力。
遭遇大規模環境變化。在白堊紀末的大滅絕事件中，菊石受到了特別嚴重的影響，有毒氣體導致的酸雨對菊石的幼體造成了災難性的後果，加之其他環境因素的變化，最終導致了菊石的滅絕。