1998年長江特大洪水的原因主要包括以下幾點：
氣候異常和暴雨過大。當年長江流域降雨頻繁、強度大、覆蓋範圍廣、持續時間長，導致河湖調蓄能力下降，水位升高。
自然因素。包括聖嬰現象、高原積雪偏多、西太平洋副熱帶高壓異常及亞洲中緯度環流異常等因素，這些氣象異常加劇了降雨的強度和頻率。
地表植被破壞和水土流失嚴重。長江流域特別是上游地區的森林濫砍濫伐，導致水土流失，河床抬高，進一步削弱了河流的洩洪能力。
江河湖泊的減少。中下游地區圍湖造田、亂占河道，導致蓄洪和洩洪能力下降。
防洪措施不足。必要的防洪措施跟不上，城市防洪標準偏低，也是導致洪水災害嚴重的原因之一。
綜上所述，1998年長江特大洪水是由自然氣候異常和人類活動導致的生態環境破壞共同作用的結果。