閩即福建省的簡稱。秦時即設閩中郡。該省最大的河流稱閩江，因此該省簡稱「閩」。《閩游日記》分前後兩部分，前部即是作者於1628年游時所記，後部則是作者1630年再次游閩時的記錄，因遊覽線路不同，故所記所感俱不同。
《閩游日記》分前後兩篇。
前篇記敘他於公元1628年入閩遊歷所見，後篇則敘公元1630年他再次游閩所見。在此之前，徐霞客於公元1616年游武夷山，公元1620年游九鯉湖，均分別作記。
前篇記敘了他由丹楓嶺入閩，經浦城達今建甌，再至延平府（今南平），乘舟達永安。中途興游金斗山，對其喬松艷草、水色山光頗為留連，在廷平，遊歷玉華洞，並對在延平遇雪作了有趣記錄，盡抒赤足奔於雪中的自然豪情，至於對玉華洞的描繪，極盡曲折手法，對洞外洞內之景皆觀察細緻，對洞內鍾乳形態、顏色的描繪也盡其手段，顯示出他對自然的高妙體悟。在永安，登臨馬山嶺，遠眺眾山，心中爽快。
再南下，向漳平進發；再乘船入九龍江，對沿江兩岸之境頗著筆墨，並對其江流水況亦作了描述。
此遊記止記於抵南靖。
後篇所記是公元1630年入閩的遊歷。此次重記仙霞嶺風光，其游跡有的與前次相同，亦有新的探險，如游龍洞、探龍池，脫衣奮力摩背貼胸而入之情景，既顯其地之險勝又顯其人之執著，非如此不能見新景。其下的描繪記游多筆墨酣暢，對山峰石筍、嫩綠浮煙俱盡情細寫，直至延平。
到永安境內，游鞏川（今貢川），描述山岩溪水甚精妙。特別對桃源洞之景的描繪引人入勝。入九龍江，對江流石岸峰煙樹影多有妙筆，其刻畫之精細比前篇勝出一籌。因其次游是受漳州司理所邀，故遊蹤以抵漳州為止。
崇禎改元戊辰之仲春即1628年，崇禎朱由檢即位，更改年號，故稱「改元」，發興為閩、廣游。二十日，始成行。三月十一日，抵江山之青湖，為入閩登入道。十五里，出石門街，與江郎為面，如故人再晤。十五里，至峽口，已暮。又行十五里，宿于山坑。
十二日 二十里，登仙霞嶺。三十五里，登丹楓嶺，嶺南即福建界。又七里，西有路越嶺而來，乃江西永豐道，去永豐尚八十里。循溪折而東，八里至梨嶺麓，四里登其巔，前六里，宿於九牧。
十三日 三十五里，過嶺，飯於仙陽。仙陽嶺不甚高，而山鵑麗日，頗可愛。飯後得輿，三十里抵浦城，日未晡也。時道路俱傳泉、興海盜為梗，宜由延平上永安。余亦久蓄玉華之興，遂覓延平舟。
十四日 舟發四十里，至觀前。舟子省家探望家園早泊，余遂過浮橋，循溪左登金斗山。石磴修整，喬松艷草，幽襲人裾。過三亭，入玄帝宮，由殿後登嶺。兀兀中懸，四山環拱，重流帶之，風煙欲暝，步步惜別！
十五日 辨色天微明即行。懸流鼓楫奔流的江水趨動舟船，一百二十里，泊水磯。風雨徹旦，溪喧如雷。
十六日 六十里，至雙溪口，與崇安水合。又五十五里，抵建寧郡。雨不止。
十七日 水漲數丈，同舟俱閣擱淺不行。上午得三板舟，附搭乘之行。四十里，太平驛，四十里，大橫驛，過如飛鳥。三十里，黯淡灘，水勢奔涌。余昔游鯉湖過此，但見穹石崿山崖峙，舟穿其間，初不謂險；今則白波山立，石悉沒形，險倍昔時。十里，至延平。
十八日 余以輕裝出西門，為玉年洞游。南渡溪，令奴攜行囊由沙縣上水，至永安相待。余陸行四十里，渡沙溪而西。將樂之水從西來，沙縣之水從南來，至此合流，亦如延平之合建溪也。南折入山，六十里，宿三連鋪，乃甌寧、南平、順昌三縣之界。
十九日 五里，越白沙嶺，是為順昌境。又二十五里，抵縣。縣臨水際，邵武之水從西來，通光澤；歸化之水從南來，俱會城之東南隅。隔水望城，如溪堤帶流也。循水南行三十里，至杜源，忽雪片如掌。十五里至將樂境，乃楊龜山故里也。又十五里，為高灘鋪。陰霾盡舒，碧空如濯，旭日耀芒，群峰積雪，有如環玉。閩中以雪為奇，得之春末為尤奇。村氓市媼老太婆，俱曝日提爐；而余赤足飛騰，良大快也！二十五里，宿于山澗渡之村家。
二十日 渡山澗，溯大溪南行。兩山成門曰莒峽。溪崖不受趾，循山腰行。十里，出莒峽鋪，山始開。又十里，入將樂。出南關，渡溪而南，東折入山，登滕嶺。南三里，為玉華洞道。先是過滕嶺即望東南兩峰聳立，翠壁嶙峋，迥與諸峰分形異色。抵其麓，一尾橫曳，回護洞門。門在山坳間，不甚軒豁，而森碧上交，清流出其下，不覺神骨俱冷。山半有明台庵，洞後門所經。余時未飯，復出道左登嶺。石磴縈松，透石三里，青芙蓉頓開，庵當其中。飯於庵，仍下至洞前門，覓善導者。乃碎斫松節置竹簍中，導者肩負之，手提鐵絡，置松燃火，燼輒益之。初入，歷級而下者數尺，即流所從出也。溯流屈曲，度木板者數四，倏隘倏穹，倏上倏下，石色或白或黃，石骨或懸或豎，惟「荔枝柱」、「風淚燭」、「幔天帳」、「達摩渡江」、「仙人田」、「葡萄傘」、「仙鍾」、「仙鼓」最肖。沿流既窮，懸級而上，是稱「九重樓」。遙望空濛，忽曙色慾來，所謂「五更天」也。至此最奇，恰與張公洞由暗而明者一致。蓋洞門斜啟，玄朗映徹，猶未睹天碧也。從側嶺仰矚，得洞門一隙，直受圓明。其洞口由高而墜，弘含奇瑰，亦與張公同。第張公森懸詭麗者，俱羅於受明之處；此洞眩巧爭奇，遍布幽奧，而辟戶更拓。兩洞同異，正在伯仲間也。拾級上達洞頂，則穹崖削天，左右若青玉赬chēng紅色膚，實出張公所未備。下山即為田塍。四山環鎖，水出無路，汩然中墜，蓋即洞間之流、此所從入也。復登山半，過明台庵。庵僧曰：「是山石骨棱厲，透露處層層有削玉裁雲態，苦為草樹所翳，故游者知洞而不知峰。」遂導余上拾鳥道，下披蒙茸，得星窟焉。三面削壁叢懸，下墜數丈。窟旁有野橘三株，垂實纍纍。從山腰右轉一二里，忽兩山交脊處，棘翳四塞，中有石磴齒齒，縈迴於懸崖夾石間。仰望峰頂，一筍森森獨秀。遂由洞後穹崖之上，再歷石門，下浴庵中，宿焉。
二十一日 仍至將樂南門，取永安道。
二十四日 始至永安，舟奴猶未至。
二十五日 坐待奴於永安旅舍。乃市順昌酒，浮白飲酒樓下。忽呼聲不絕，則延平奴也。遂定明日早行計。
二十六日 循城溯溪，東南二十里，轉而南二十五里，登大泄嶺，迢嶢tiāoyáo高峻行雲霧中。如是十五里，得平阪，曰林田。時方下午，雨大，竟止。林田有兩溪自南來，東渾赤如血，西則一川含綠，至此合流。
二十七日 溯赤溪行。久之，舍赤溪，溯澄溪。共二十里，渡坑源上下橋，登馬山嶺。轉上轉高，霧亦轉重，正如昨登大泄嶺時也。五里，透穿過其巔，為寧洋界。下五里，飯於嶺頭。時旭日將中，萬峰若引鏡照面。回望上嶺，已不可睹，而下方眾岫駢列，無不獻形履下。蓋馬山絕頂，峰巒自相虧蔽，至此始廓然為南標。詢之土人，寧洋未設縣時，此猶屬永安；今則嶺北水俱北者屬延平，嶺南水俱南者屬漳州。隨山奠川，固當如此建置也。其地南去寧洋三十里，西為本郡之龍巖，東為延平之大田雲。下山十里，始從坑行。渡溪橋而南，大溪遂東去。逾嶺，復隨西來小溪南行，二十里，抵寧洋東郭。繞城北而西，則前大溪經城南來，恰與小溪會，始勝舟。
二十八日 將南下，傳盜警，舟不發者兩日。
四月初一日 平明，舟始前，溪從山峽中懸流南下。十餘里，一峰突而西，橫絕溪間，水避而西，復從東折，勢如建瓴意即水勢忽而暢，曰石嘴灘。亂石叢立，中開一門，僅容舟。舟從門墜，高下丈余，余勢屈曲，復高下數丈，較之黯淡諸灘，大小雖殊懸，險更倍之也。
眾舟至此，俱鱗次以下。每下一舟，舟中人登岸，共以纜前後倒曳之，須時乃放。過此，山峽危逼，復嶂插天，曲折破壁而下，真如劈翠穿雲也。三十里，過館頭，為漳平界。一峰又東突，流復環東西折，曰溜水灘。峰連嶂合，飛濤一縷，直舟從雲漢，身挾龍湫矣。已而山勢少開，二十餘里，為石壁灘。其石自南而突，與流相扼，流不為卻，搗擊之勢，險與石嘴、溜水而三也。下此，有溪自東北來合；再下，夾溪復至東北來合，溪流遂大，勢亦平。又東二十里，則漳平縣也。
寧洋之溪，懸溜迅急，十倍建溪。蓋浦城至閩安入海，八百餘里，寧洋至海澄入海，止三百餘里，程愈迫則流愈急。況梨嶺下至延平，不及五百里，而延平上至馬嶺，不及四百而峻，是二嶺之高伯仲也。其高既均，而入海則減，雷轟入地之險，宜詠於此。
初二日 下華封舟。行數里，山勢複合，重灘疊溜，若建溪之太平、黯淡者，不勝數也。六十里，抵華封，北溪至此皆從石脊懸瀉，舟楫不能過，遂舍舟逾嶺。凡水惟濫觴發源之始，不能浮槎竹筏，若既通，而下流反阻者，止黃河之三門集津，舟不能上下。然漢、唐挽漕水道，纜跡猶存；未若華封，自古及今，竟無問津之時。擬沿流窮其險處，而居人惟知逾嶺，無能為導。
初三日 登嶺，十里至嶺巔，則溪()水復自西來，下循山麓，俯瞰只一衣帶水耳。又五里，則隤墜落然直下，又二里，抵溪。舟行八十里，至西溪。西南陸行三十里，即漳郡；順流東南二十里，為江東渡，乃興、泉東來驛道也；又順流六十里，則出海澄入海焉。
初四日 輿行二十里，入漳之北門。訪叔司理，則署印南靖，去郡三十里。遂雨中出南門，下夜船往南靖。
初五日 曉達南靖，以溯流迂曲也。溪自南平來，到南靖六十里，勢於西溪同其浩蕩，經漳郡南門，亦至海澄入海。不知漳之得名，兩溪誰執牛耳也？