流域綜合治理是一種綜合性的管理和保護方式，它以流域爲基本單元，通過統籌考慮流域內的自然、經濟、社會等因素，實現水資源的合理配置和保護，以及生態環境的改善。
這種方式不僅關注水資源的節約和合理使用、水環境的改善，還涉及水土保持、污染防治、生態修復等多箇方面。流域綜合治理強調跨部門、跨地區的協調合作，打破行政界限，形成協同治理的機制。其目的是促進經濟、社會和環境的協調發展，實現高效的水資源管理、生態保護和可持續發展。
例如，在中國，這種治理方式被應用於長江經濟帶，以推進國土空間的優化開發、生態保護和綠色發展。此外，小流域綜合治理也是流域綜合治理的一部分，它更側重於小尺度流域的水土流失治理和生態經濟可持續發展。