忍者技能主要包括以下幾類：
忍術。這是忍者的核心技能，包括各種武器、道具、裝備、藥物、爆炸物等的使用方法，以及身體訓練、呼吸法、冥想法等。忍術的訓練內容豐富，有偽裝、逃跑、隱藏、格鬥、地理、醫學和爆破等。
追蹤和破解密碼。這些技能用於進行秘密活動，對忍者來說非常重要。
使用武器。忍者技能中包括各種格鬥、刀術、劍術、槍術、投擲、暗器等的攻擊和防禦方法。
特殊技能。如氣功彈、陽炎、攻擊無效等，這些技能有助於提高忍者的戰鬥效率和生存能力。
潛入和偽裝。這些技能使忍者能夠隱秘行動，進行間諜活動或收集情報。
此外，忍者的技能還包括爬牆、影分身術、多重影分身術、水分身術等。忍術最初源於日本傳統格鬥術的一種刺殺術，後吸收中國《孫子兵法》《六韜》等理念，融合神道教、佛教中的相關心法與秘技，形成今天的忍術。