故事的背景發生在20世紀60年代末，中國大陸內蒙古最後一塊靠近邊境的原始草原。這裡的蒙古牧民還保留著遊牧民族的生態特點，他們自由而浪漫地在草原上放養著牛、羊，與成群的強悍的草原狼共同維護著草原的生態平衡。他們憎恨著狼――狼是侵犯他們家園的敵人；他們同時也敬畏著狼――草原狼幫助蒙古牧民獵殺著草原上不能夠過多承載的食草動物：黃羊、兔子和大大小小的草原鼠。他們同時也深深地崇敬著狼――草原狼是蒙古民族的原始圖騰。狼的兇悍、殘忍、智慧和團隊精神，狼的軍事才能和組織分工，曾經是13世紀蒙古軍隊征戰歐亞的天然教官和進化的發動機。
正是蒙古民族的歷史和神秘，草原的廣闊和浪漫，將本書的主人公、一個叫陳陣的北京青年帶進了草原。很快，陳陣發現草原並不全是浪漫和自由。牧民們為了保護自己的財產必須和狼進行戰鬥。他親眼目睹蒙古的女人和小孩與偷襲羊群的狼――象豹子一樣大的狼――徒手搏鬥。也曾誤入狼群、並親眼看見群狼怎樣在頭狼的指揮下，調兵遣將圍獵幾百隻黃羊。但是，人卻搶了狼儲存的食物。為了報復人的貪婪，狼利用冬季風雪和夏季蚊災的掩護，發動了兩次大規模的偷襲軍馬群的殘酷而壯烈的戰役。於是人又被激怒了。來自於農耕民族的幹部不顧蒙古牧民的反對，開始了大規模的圍獵狼群的戰鬥。狼在死亡前的尊嚴和犧牲精神震撼了陳陣。陳和他的朋友親自掏了一窩小狼，並且養了其中的一隻。他要通過一隻小狼的成長，探索狼的習性和狼的哲學。通過一系列的令人陶醉的有趣的故事，陳發現狼是動物中唯一不可馴服的、十分神秘的動物。()比如，第一次面對食物或者面對大批食物的時候，會舉行跑圈，類似現代宗教的感恩儀式或者祭祀；比如，狼一旦離開大地就會顫抖無力，又像希臘神話中的安泰。進而，陳又發現蒙古民族不僅將狼作為自己民族的圖騰崇拜的對象，而且，死後又將自己的屍體放到狼出沒的地方，實施「天葬」。蒙古牧民相信狼會將他們的靈魂帶上「騰格里」（蒙語：天）。狼是蒙古人敬畏的敵人，也是他們相伴一生、甚至是來生的朋友。正是蒙古人帶著狼的精神征服了差不多半個地球，開通了東西方商業貿易與文化的交流。
陳和他的來自於北京的青年朋友，因為狼的緣故和牧民融為一片。但是，他們無法阻擋來自於農耕文化和文革時期的錯誤政策對草原生態的破壞。他們首先用現代武器殺狼，將僅存的狼驅趕到邊境外。進而，大片的開墾草原土地。幾年以後，草原上鼠害橫行，大片的草原沙化。在作品的最後，也就小說的尾聲，來自於蒙古草原的沙塵暴已經遮天避日地肆虐北京，浮沉甚至飄過大海，在日本和韓國的天空遊蕩……
人類失去的不僅是草原不僅是狼，我們真正失去的是人與自然和諧共存的價值觀；我們失去的是中華民族早期的圖騰：自由、獨立、頑強、勇敢的精神、永不屈服、決不投降的性格、意志和尊嚴。這是《狼圖騰》的主題和作家悲愴的呼喚。