作品的主人公里梅爾·格列佛是個英國外科醫生，後升任船長；他受過良好教育，為祖國而自豪，在職業和政治兩方面似乎都頗有見識，可是他本質上卻是一個平庸的人，而斯威夫特正是利用了主人公的這種局限達到了最充分的諷刺效果。全書由四卷組成，在每一卷中格列佛都要面臨常人難以想像的特殊情況。
第一卷寫的是格列佛在小人國（利立普特）的遭遇，格列佛與利立普特人的大小比例為十二比一，那裡的居民身高僅6英寸，格列佛置身其中，就像一座「巨人山」。起先他被小人們捆了起來，但後來由於他表現溫順並答應接受某些條件，小人國國王同意恢復他的自由。此時，該國正遭到另一小人國（布萊夫斯庫）入侵，格列佛涉過海峽把敵國艦隊的大部分船隻擄來，迫使敵國遣使求和。儘管格列佛立了大功，但後來因在幾件事情上得罪了國王，國王決定刺瞎他的雙眼，將他活活餓死。格列佛得知訊息，倉皇逃向鄰國，修好一隻小船，起航回家。
第二卷描述格列佛在大人國的遭遇。在這一卷里，格列佛又一次出海時，遭遇風暴，()船被刮至一片陌生的陸地。這陸地叫布羅卜丁奈格（大人國）。那裡的居民身高有如鐵塔。格列佛一到這裡，由「巨人山」一下子變成了侏儒，置身大人國，自己仿佛變成了一個利立普特（小人國）人，比例倒了過來，成了一比十二。在大人國的農夫面前，格列佛像鼴鼠般大小，被農夫當作玩物帶回家。為了賺錢，農夫竟把他帶到市鎮，讓他耍把戲，供人觀賞。後來他被王后買去，得以與大人國的國王相處。逐漸地，格列佛思鄉之情日益濃烈，在一次隨國王巡視邊境時佯稱有病，去海邊呼吸新鮮空氣。當他在岸邊鑽進小木箱睡覺時，一隻大鷹將木箱叼走。後來木箱落入大海，被路過的船隻發現，裡面的格列佛獲救，終於又回到英國。
第三卷寫的是飛島國。這一卷比較鬆散，鋪得較開，寫格列佛以勒皮他（飛島）遊歷為中心，兼及巴爾尼巴比、拉格奈格、格勒大錐和日本四個地方的遊記。
第四卷描述了格列佛在賢馬國（「慧駰國」）的所見所聞。這是歷來最為爭議的部分。在那裡，格列佛遭到智慧而理性的慧駰的放逐，滿心悵惘地回到那塊生他養他如今卻叫他厭惡的故土，憤怒而又無可奈何地與一幫「野胡」在一起度過自己的餘生。
在這些虛構的國度里可以找到當時英國社會的痕跡。作品集中反映了18世紀前半期英國社會的種種矛盾，對英國政治制度作了辛辣的諷刺。如小人國里的高跟鞋代表的是當時的輝格黨，而低跟鞋代表的是托利黨，關於打破雞蛋是從大的一頭打還是從小的一頭打的爭論反映了宗教戰爭。主人公格列佛勤勞、勇敢、機智、善良。作品想像豐富，構思奇特，勾畫出一個五彩繽紛的神奇世界。幻想與現實的有機統一是這部作品的最大特點。首版在一周內售完，並立即被譯成法文和荷蘭文。18世紀末葉出現了改編的小冊子。倫敦塔巴特出版社於1805年首次出版了專門的兒童版本，並附有三幅彩色銅板插畫。迄今的兒童版本一般只涉及格列佛在小人國和大人國的奇遇。《格列佛遊記》對英國和世界兒童文學產生過重要影響，尤其是其勾想手法、離奇描寫在英國兒童文學史上有開拓意義。